台湾由于气候温暖，空气潮湿，雨量均匀，土壤富于有机质，适于茶树之生长，自古就有野生茶树，但真正有经济价值的茶树，一般相信茶花树是距今约200余年前，中国大陆移民到台湾时，由福建移民柯朝氏所带来的闽茶品种，首先种植在鱼坑（今台北县瑞芳地区），发育极佳，继而石碇、深坑、拳山（现今文山）、大坪山、远及新竹等地，也相继植茶。但在光绪七年（公元1881年）以前，台湾茶只有乌龙茶一种。

清光绪七年（公元1881年），福建同安茶商吴福源（吴福老）深感将台湾茶叶运至福建改制包种茶，运费贵、风险大、成本重，实际获利不多；为求降低成本，遂带茶师来台，在台北设源隆号，就地直接加工生产包种茶，同年即销售国外，成为台湾包种茶外销之始。而南港包种茶据载是清朝光绪年间福建安溪王、魏二氏见台北州七星郡大内樟栳寮（今南港大坑）一带，风土相当适合茶树生长，因而引进茶树栽植，并精研包种茶产制技术，传授指导乡人，为台湾包种茶规模量产之始。

包种茶是福建制茶的特殊技巧，茶叶采摘下来后就在该地焙制成团茶，进贡京师。因宋代皇帝皆嗜饮茶，徽宗更是品茶高手，因此对茶的质量要求甚高，亦带动了制茶技术的竞争，闽浙一带每年举办茶叶比赛，最盛时有二十二省六百余县参加，选出与赛中上好品种二十余种，其中以武夷茶的香气、滋味最佳。所谓「包种茶」是武夷「岩茶」的制造方法之一。

关于包种茶名称的由来，可以阅读为什么叫做"包种茶"一文